Die Story ist wie gewohnt so hanebüchen wie simpel: Erneut entführt der fiese Riesenschildkröterich "Bowser" Prinzessin Toadstool mitsamt ihrem Schloss. Allerdings verschleppt er sie diesmal ins Zentrum des Universums, da er dort die so genannten Powersterne ihrer Kraft beraubt, um ein eigenes Universum zu erschaffen. So spektakulär dies auch visualisiert wird, es bleibt derselbe Schmus wie schon seit Jahrzehnten. Und warum Bowser auf die Anwesenheit der Pilzprinzessin besteht, wird wohl auf ewig ein Geheimnis bleiben. Wahrscheinlich nur, damit es einen Grund für Mario gibt, sich in die Angelegenheiten des Koopa-Königs einzumischen.

Da Mario allerdings kein Raumschiff hat, ist er auf die Hilfe einer neuen Hauptfigur angewiesen, die Rosalina genannt wird. Sie ist die Wächterin der Sternwarte, einem großen Raumschiff, das ohne Treibstoff im Raum schwebt, da Bowser die Powersterne stibitzt hat. Somit liegt es an Mario, die Himmelskörper zurückzugewinnen, die Sternwarte wieder flott zu machen und der Prinzessin nachzueilen. Ein herrlich käsiger Schwachsinn, den Nintendo uns da auftischt. Aber war die Story bei einem Mario Jump and Run je wichtig? Nein! Daher ist auch der Rest der Geschichte absolut nebensächlich. Wer Mario wegen der Story spielt, hat sowieso einen an der Waffel, und sollte statt des Videospieleklempners lieber einen Seelenklempner aufsuchen.Also auf ins Spielgeschehen, das uns gleich zu Anfang mit einer Hand voll Neuerungen überrascht. Zum einen finden wir erstmals so etwas wie ein Tutorial, das uns mit der Steuerung vertraut macht. Zum anderen müssen sich selbst erfahrene Marionetten an eine völlig neue Herangehensweise gewöhnen. Statt einer ausführlich gestalteten 3D-Umgebung erwartet euch nämlich eine Reise zwischen unzähligen Himmelskörpern in Form von kleinen Planeten, Asteroiden, und anderen frei im Raum schwebenden Gebilden, die allesamt ihr eigenes Gravitationsfeld besitzen. Das bedeutet für Mario, dass er sämtliche Plattformen, Sphären und Felsbrocken frei umrunden kann, ohne auf einer Seite herunterzufallen - es sei denn, es befindet sich ein schwarzes Loch in der Nähe. In letzterem Fall bedeutet ein falsch eingeschätzter Sprung den sicheren Tod.

Doch das ist nicht die einzige Kniffligkeit, mit der sich der berühmte Italiener herumschlagen muss. Neben bekannten und neuen Gegnern, Fallen sowie einer Anzahl riesiger Obermotze, die auszuschalten sind, gilt es der Schwerkraft auch hin und wieder ein Schnippchen zu schlagen. Weiterhin müsst ihr gefräßige Sternwesen mit Sternteilen füttern, auf dass sie neue Wege freigeben, und Splitter von Warp-Portalen zusammensuchen, ohne die sich Mario nicht von einem Himmelskörper zum anderen bewegen kann.