UFO Afterlight setzt konsequent die beliebte UFO-Reihe fort, sowohl die Story als auch das Gameplay setzen genau dort an, wo der Vorgänger aufgehört hat. Dabei haben die Entwickler die Vorschläge und Wünsche der Fans zu einem großen Teil in die Tat umgesetzt. Auf den ersten Blick kann ein geübter UFO-Spieler aber nur wenige Änderungen erblicken. Die Übersichtkarte zeigt weiterhin den Planeten an, auf den es die Menschheit verschlagen hat. Statt blauer Meere und schönen Landstrichen ist der Mars vorwiegend in orange und rot gehalten, diese Gemeinsamkeit ist so ziemlich alles, was das Spiel noch an die Vorgänger erinnert. Ein Blick in die Menüs offenbart den starken spielerischen Wandel, den Afterlight beschreitet.

Damit der Spieler nicht alleine vor den tausenden Optionen steht, die das Spiel bereits zu Beginn zur Verfügung stellt, gibt es ein komfortables Tutorial. Egal welches Menü und welcher Reiter geöffnet wird, grundsätzlich erscheinen Textblasen die dem Spieler in kurzen aber inhaltsreichen Texten erläutern, was er wo machen darf und wie man die angebotenen Werkzeuge optimal einsetzt. Somit kommen sowohl Anfänger als auch alte Hasen schnell in das Spiel hinein ohne die Bedienungsanleitung lesen zu müssen.Der Ausbau der Basis ist nun deutlich umfangreicher geworden und im Gegensatz zum Vorgänger auch unkomplizierter. Anstatt mehrere Basen auszubauen und miteinander zu verbinden, konzentriert man sich ausschließlich auf sein Hauptquartier. Mit Upgrademöglichkeiten, sowie die Gewinnung von weiteren Bauplätzen, wird die Basis mit allerlei Gebäuden und Einrichtungen bestückt, die dem Spieler das Leben leichter machen. Außerdem ist es nun möglich den einzelnen Abteilungen eigenes Personal zuzuteilen, damit man in jedem Bereich jederzeit die optimale Versorgung erreicht.

Der Forschungsbaum gestaltet sich bunt und ausführlich, je nach Forscherplätzen lassen sich bestimmte Projekte schneller vorantreiben. Außerdem ist es möglich, in verschiedenen Laboren an unterschiedlichen Forschungsprojekten zu arbeiten, was den Spielverlauf deutlich beschleunigt. In der Produktion können ausführliche Produktionsketten erstellt werden. Es ist endlich möglich auch mehrere Produkte der gleichen Art zur selben Zeit zu erstellen, der Spieler muss also nicht immer ein Auge auf den gerade laufenden Produktionsprozess haben.